Найбільший набір — це 12-томний Атлантичний кодекс, у якому да Вінчі передбачав можливість створення телескопа за століття до винаходу інструменту.
Нещодавно дослідники з Міланського політехнічного університету в Італії виявили та вивчили загадкові чорні плями на аркуші Атлантичного кодексу. Вони підтвердили наявність крохмалю і вінілового клею в уражених ділянках. Згідно з нещодавньою статтею, опублікованою в журналі Scientific Reports, клей, найімовірніше, було нанесено під час більш ранньої реставрації близько 50 років тому. Учені також визначили ймовірну причину темних плям: наночастинки сульфіду ртуті, що зветься метациннабаром, у захисному папері, який утримує фоліант.
Вивчивши історію кодексу, дослідники з’ясували, коли саме це могло статися.
Кодекс піддавався серйозній 10-річній реставрації з 1962 по 1972 рік, під час якої кожен окремий аркуш у 12 томах був обрамлений паспарту — захисною обкладинкою, що складається з трьох шарів сучасного паперу.